Algún tiempo después de los acontecimientos de los VENGADORES, un frecuentado Tony Stark ha construido obsesivamente varios trajes de Iron Man en su mansión. Esto hace que la fricción con su novia aumente. En una retrospectiva de la víspera de año nuevo de 1999, Tony, con su amante científica Maya Hansen, ignora a un científico que buscaba ayuda para su proyecto (AIM). En Estados Unidos hoy en día, una serie de atentados terroristas hechos por el mandarín ha dejado las agencias de inteligencia desconcertadas por la falta de pruebas forenses. Cuando Stark se da cuenta de que su ex asistente Happy Hogan se encuentra involucrado en uno de sus ataques, reta al mandarín dándole su dirección de la mansión, tras esto, una serie de helicópteros lo atacan con misiles. Pepper y Maya (quien volvió para pedirle ayuda a Tony) logran sobrevivir, pero Stark que estuvo a punto de morir, le pide a JARVIS que lo lleve a un lugar seguro ya que se estaba desmayando. Entonces, Tony se encuentra en las zonas rurales de Tennesse, el mundo lo cree muerto y su armadura el MK 42 no tiene potencia para volver. Tony hace equipo con un niño de 10 años, llamado Harley, ya que necesita seguir investigando sobre el mandarín. Descubre que las explosiones fueron provocadas por soldados de un programa de extremis, un tratamiento experimental destinado a permitir a sus usuarios recuperarse de lesiones incapacitantes. Sin embrago, si el cuerpo de un usuario no puede metabolizar correctamente el extremis, se calienta y explota.
SOLDADO CON LA PRUEBA DE EXTREMIS APUNTO DE EXPLOTAR...
Después de que los veteranos comenzaron a crecer hasta explotar, se crearon historias sobre ataques terroristas para evitar que se descubran fallas de Extremis. Con la ayuda de Harley, Tony sigue al mandarín que se encuentra en Miami. Stark se infiltra en la sede con una gran variedad de armas de fabricación casera. En el interior descubre que el mandarín es en realidad un actor británico llamado Trevor Slattery, que es ajeno a los actos del verdadero mandarín, un hombre llamado Killian que fue a quien ignoró en la fiesta de 1999, el se apropió de el Extremis. Después con ayuda de War Machine ahora llamado Iron Patriot logra llegar hasta una zona custodiada por varios extremis asi que logran infiltrarse con gran cautela, de ahí observan que son muchos extremis y Tony le pide a JARVIS que traigan a todas las armaduras desde el MK 1 hasta el MK 41 los cuales manejados por JARVIS van destruyendo a todos los extremis, asi hasta que Killian se enfrenta con Tony, ya que este deja caer a Pepper Potts causado por un pedazo de lámina que cae. Asi que Tony manda a llamar al MK 42 se lo envía y le dice a JARVIS que lo explote, así sucede pero no lo mata. Luego va en busca de Pepper y la encuentra sana gracias al extremis, de repente Killian aparece y Pepper ve como una armadura está dispuesta a atacarla pero lo parte en 2 toma un brazo y le dispara a Killian hasta matarlo.
Momento en el que las armaduras controladas por JARVIS llegan contra los extremis.
Después de un tiempo Tony se opera para que le quiten la metralla incrustada y tira su reactor arco al mar, cura a Pepper y terminan diciendo que el siempre será IRON MAN.